(1) CPBMI

강준

http://www.broadinstitute.org/igv/home
사용해 보신 분 계신가요?

www.broadinstitute.org

The Integrative Genomics Viewer (IGV) is a high-performance visualization tool for interactive exploration of large, integrated genomic datasets. It supports a wide variety of data types, including array-based and next-generation sequence data, and genomic annotations.

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JaeHo Lee

김주한 대한의료정보학회 이사장의 인터뷰 내용입니다^_^.
많이들 홍보해 주세요.

"엄청난 의료 데이터 다룰 전문의 필요"
http://www.moonline.co.kr/News/news_view.aspx?Cid=H0701&Cno=66566

::: MONews :::

www.moonline.co.kr

시스템바이오정보의학 국제학술총회인 TBC를 창립하고, 서울대 시스템바이오정보의학 국가 핵심연구센터 운영, 의료정보학대학원 전공주임교수 등 국내 정보의학의 권위자로 꼽히는 사람이 대한의료정보학회 김주한 이사장이다. 지난해 11월부터 공을 들이고 있는 프로젝트가 있는데 바로 "정보의학인증의(Certified Physician in Biomedical Informatics)" 교육 프로그램이다. 한국정보의학인증의관리위원회 Korean Board of Certified Physicians in BioMedical Informatics(CP...

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박래웅

파이썬 slicing 원리

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박래웅

‎김창업 도와주시는 김에 한번 더... ^^
예전에 R로 짠 CGH파일 데이터 고르는 것을,
다음과 같이 파이썬으로 다시 한번 짜봤는데요
import pandas ad pd
cgh = pd.read_csv('cgh.csv', names = ['chromosone', 'position', 'value', 'log2'], header=0)
... cgh1 = cgh[cgh.log2 > 0.5]
cgh2 = cgh[cgh.log2 < 0.0]
SelectedCGH=cgh1
SelectedCGH=SelectedCGH.append(cgh2)
SeletedCGH.to_csv('SelectedCGH.csv', sep=',', header =True)

위처럼 하면 문제가 없긴 한데,
cgh[cgh.log2 > 0.5 | cgh.log2 < 0.0] 처럼 하나의 문장으로 처리하면 에러가 나네요.
에러없이 한 문장에서 or로 처리할 방법이 없나요?
박찬희 선생님이 답변주셔도 좋은데 ^^더 보기

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박래웅

Python공부 중에 있는데, 어레이 부분에서 질문이... 아시는 분 답좀 부탁해요!!
a) 그림이 arr[:2, 1:]로 표현되는데, arr[:1, 1:]가 아니고 arr[:2, 1:]인 이유는 뭐죠?
콜론(:)을 중심으로 앞에 쓰인 숫자와 뒤에 쓰인 숫자가 규칙이 다른것 같은데...
b) OK
c) 그림: 같은 질문일 텔데, arr[:, :1]가 아니고 arr[:, :2]인 이유가??
... d) 그림: 같은 질문, arr[1:1, :1]가 아니고 arr[1:2, :2]인 이유가??
킨들로 "Python for Data Analysis" 사서, 설날동안 다 실습해 보려고 했는데, 겨우 18% 해 봤네요 T.T
전자책은 사는 순간 다운로드 되니까 기다리지 않아도 되서 좋군요 ^^더 보기

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Yunji Hwang

사진 업로드가 안되요... ㅠ 주말에 다시 시도 해 볼게요~
혹시라도 기다리실 분들을 위해 메모 남겨요 ^^;; ㅋ

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이준원

CPBMI 1기 ^^

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JaeHo Lee

유펜 부교수와 함께

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JaeHo Lee

유펜 부교수가 내 친구라네.

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JaeHo Lee

CPPMI 동기 — 혜화동에서 윤덕용님 외 2명과 함께

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JaeHo Lee

CPPMI 종강-1학기 종강. — 혜화동에서

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JaeHo Lee

‎1학기 종강. — 혜화동에서 박만영님 외 3명과 함께

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JaeHo Lee

‎1학기 종강.

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Junjeong Choi

본의아니게 프로그램에러나면서 버벅거리는데 우리 조원님들의 멋진 솔류선들이 오가는 걸 보니 숟가락이 아니라 주걱을 얹은 느낌이 들면서 인생을 회고하게 되네요 T T

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Yunji Hwang

‎^^

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Kim Hun-Sung

‎== CPBMI 종강식 최종일정 ===

시간; 2013년 02월 02일 (토) 오후 7시 20분

장소; 명륜동갈비 (Tel; 02-741-6290)

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Yunji Hwang

‎^^

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JaeHo Lee

힘든 김승환 — 호질에서

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Ju Han Kim

‎30여년전인 1976년, elegant한 RSA 알고리즘을 만든 MIT의 Ron Rivest, Adi Shamir, Leonard Adleman 교수의 사진이 있어 올립니다.

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Ju Han Kim님이 파일을 업로드했습니다.

오늘 마지막 강좌로 비대칭 암호화 알고리즘을 다루어 보았습니다.

예제에서 메시지는 123456789012345, 공개키는 (d=65537, N=56019405897638643920962539722900287697) 입니다.
즉 암호화를 위해 수행할 연산은 123456789012345의 56019405897638643920962539722900287697제곱인 것이죠....

... 우주에 존재하는 입자의 수는 약 10의 120제곱 정도라 합니다.
암호화에 사용되는 숫자는 우스꽝스러울 정도의 큰 수 (ridiculously big number) 라고도 합니다. 도대체, 암화화 외에 달리 어디에 이런 큰 수가 또 필요할까요?

첨부파일 참고하세요. 소스코드도 들어있습니다.더 보기

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박래웅

DB마지막 강의를 위해서 노트북에 SPSS를 깔아서 와주시기 바랍니다.
혹시 SPSS가 없으면 http://www.spss.co.kr/trial/trial_main.asp 에 가셔서 가입하시면 하루 지나서 정회원 승인되고, 그 이후에 다운로드 가능합니다. 14일간 쓸수 있는 시험판입니다. 누가 대표로 받아서 파일을 뿌려도 됩니다.

http://www.spss.co.kr/trial/trial_main.asp

www.spss.co.kr

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박래웅

저에게 의뢰가 왔던 내용인데, 간단한 퀴즈 하나 낼께요. CGH 결과인데 row가 한 70만줄쯤 되고, column은 4개입니다. 필드명은 chromosome, position, X52T_503455 log2.ratio 입니다. 이 중에서 log2.ratio 가 0.5보다 크거나 0보다 적은 값만 골라내고 싶은 상황입니다. (의뢰자가) 엑셀로 해 보려고 했지만, 도저히 할 수 없었다고 합니다. 저도 엑셀로 해보려고 했는데, 골라낼 수는 있지만 copy&paste가 안됩니다.
MS-SQL 쓰면 무지 쉬울 텐데, R이나 파이썬으로 한 번 해보세요.
R로 짠 답은 내일 올려드릴께요.

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이계화

연말 정산에 관해..
교육비 연말 정산이 가능한 범위가 본인 대학교 및 대학원 등록금 까지라고 하네요.
저희 과정은 해당이 안된다고 합니다.. 안타깝네요.. ㅜㅜ

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박찬희

http://www.cpbmi.or.kr/examples/cgi/
밑으로 어제 강의(아니 시연) 했던 CGI Python 코드들을 zip 파일로 압축해놓았습니다.
준비가 많이 미흡했던점 다시 한번 사과드립니다...ㅠㅠ

http://www.cpbmi.or.kr/examples/cgi/

www.cpbmi.or.kr

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Sophia Moon

아무래도 휴대폰 충전기를 강의실에 두고 온 것 같은데
분실물 어떻게 찾을 수 있을까요? 정신이 어떻게 된 건지...ㅠㅠ

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JaeHo Lee

mHealth research에 대한 review 논문. Evidence에 문제가 된다는데 최근 5년간의 논문이 제대로 평가되지 못했다는 의견이 있네요(김헌성 선생님 참조하세요).

http://mobihealthnews.com/19903/scientific-mobile-health-research-found-severely-lacking/

Scientific mobile health research found severely lacking | mobihealthnews

mobihealthnews.com

Despite all the hype and promise around mobile healthcare technologies, the scientific evidence supporting clinical efficacy of mobile health continues to fall short, according to two new papers in the journal PLOS Medicine.

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Jaemoon Yun

혹시요. CPBMI 등록금도 연말정산에서 공제되나요?
될 것 같기도 하고.. 안될것 같기도 하고..
연말정산기간이니 이것 저것 이잡듯이 뒤지고 있습니다.^^

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Kim Hun-Sung

‎=== CPBMI 종강모임 공지 =============

시간; 2013년 02월 02일 (토)
오후 7시 20분

... 장소; 미정
추후 다시 공지드리도록 하겠습니다

참석인; 김주한 교수님, 박래웅 교수님
박찬희 선생님, 박만영 선생님, 윤덕용 선생님
CPBMI 수강생 36명더 보기

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윤지현

Cast Plate라는 퍼즐을 풀고 있는데,
힌트를 찾다보닌 이런 글을 찾았습니다.

"고리가 통과할수 있는 구멍의 번호를 선으로 이어 나간다.
갈수 있는 길이 2가지 이상이면 길을 정해 계속 탐색해 나간다.
... 그리하여 모든 길을 다 파악하고 나면... 지도를 얻게 된다.
이 퍼즐을 푸는 데 중요한 팁은 이 지도가 트리구조가 아니라는 것이다.
한바퀴를 돌아 제자리로 돌아 오는 루프가 존재한다..."

이 퍼즐을 처음 봤을 땐 전혀 몰랐는데,
이런 장난감에도 그래프이론이 들어있었어요.
김교수님 수업을 안 들었으면 저게 뭔소리인가 했겠죠?

"그래프이론"을 찾아봤더니 그것만해도 엄청나네요.
김주한교수님 수업 1회분이 아무래도 학부에서 1학기이상
다뤄야 하는 것들의 정수만을 모은 듯합니다.
제가 어려워 했던 게 단지 제가 멍청하기 때문만은 아닌듯...아닌가요??더 보기

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Yunji Hwang

박만영 박사님 마지막 강의 ^^ 감사합니다^^

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김민정

박만영 선생님 숙제에서...
QTc가 MAX 인 환자의 5일전 약물 처방 정보라 함은
전체 환자 가운데 QTc 값이 가장 높았던 환자가 그 ECG 를 검사하기 5일 전날 처방 받은 약을 찾는 건가요?
없는 걸로 나와서요.. 제가 문제를 잘못 해석한 거 같은데...
혹시 5일 이내? 아니면 5일 보다 이전에?

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윤지현

어찌할 수 없는 사정으로 수업을 빠졌더니
이젠 따라잡을 수 없는 건가요??
아...망했군요...

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Sophia Moon

저... 여기다 올려야 할 것 같아서요. 누구든 아시는 분 ^^

EInfo에 대해서인데요 수업시간 예제 (슬라이드 8번)
1.
위 부분을 그대로 하면 record가 정의 되지 않았다고 떠서
... resuilt= handle.read()이걸
record=Entrez.read(handle)로 바꿨더니 되던데
슬라이드가 틀린건가요? 수업시간에 조성범 선생님이 하실 때 이 부분 어땠는지 제가 기억이 안나서요.. 교수님이 된 건데 저만 안되는 건지, 아니면 수업 시간에 수정하셨는데 제가 뒷북인 건지...

2. 이 Einfo 명령어를 IDLE에서 하면 결과가

>> [u'DbList'] 이렇게 나오는데
문제는 똑같은 걸 Komodo editor에서 하면 returned 0이라고 뭔가
되기는 한 것 같은데 결과가 아무것도 안나와요...
대체 결과물은 어디로 갔을까요?
그런데 뒷 부분 예제들은 제대로 되었었으니까 에디터 문제는
아닌 것 같은데요...더 보기

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김창업

Biopython의 Entrez.read(handle)실행시 뜨는 UnicodeDecodeErrorr 해결하기 위해 python 2.73 64bit version으로 깔고 biopython도 64bit으로 설치해서 시도해보았는데 여전합니다. ㅠ

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박찬희

Windows 에서 BioPython 인스톨 시 Python 이 없다라는 에러가 나오는 경우를 보니 Windows 64bit version 을 쓰시는 선생님들에게 나타나는 현상이었습니다. 아래 주소에서 따로 다운 받아서 쓰시면 되겠습니다.
http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#biopython 에서
biopython-1.60.win-amd64-py2.7.‌exe 파일을 다운 받으시면 되겠습니다.

Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke

www.lfd.uci.edu

This page provides 32- and 64-bit Windows binaries of many scientific open-source extension packages for the official CPython distribution of the Python programming language.

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Sophia Moon

저도 biopython이 안되네요....python을 먼저 깔라는 둥 ...

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김혜리

Biopython이 안깔리네요. 자꾸 "Python을 먼저 설치해야해" 이런 이상한 오류를 만들면서요ㅠㅠ

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김창업

‎박찬희 선생님~질문이 있습니다.

line = 8032/3 Spindle cell carcinoma. 와 같은 문자열에서요..
linematch = re.search(r'([0-9]{4})\/([0-9]{1}) +(.+)$', line)에서 중간에 역슬래시 이스케잎'\'이 왜 들어가야 하는건가요? 역슬래시 빼고 해도 잘 찾아지던데요... 그리고 세번째 괄호 전에 +도 왜 필요한건지;;; 역시 없이 그냥 띄어쓰기로 원래 패턴 만들어주면 잘 찾아지던데용.. 사소한것 같은데 이런게 쌓이니까 머릿속이 점점 어지럽혀지는것 같습니다ㅠ

좋아요 · · · 1월 4일 오후 11:38 서울 근처

36명이 읽음
박찬희 아..정규표현식은 표현 가능성이 무궁무진하기 때문에 선생님께서 생각하신 방법도 맞습니다. 말그대로 여려개의 정답이 있을 수 있습니다. 그리고 \/ 은 / 문자 자체를 escape 시켜주는 것인데 다른 언어에서는 / 자체를 정규표현식 안에서 특수한 목적으로 쓰고 있는 경우가 있어서 조성범 선생님께서 아마 습관적으로 escape 시키신것 같습니다. 너무 걱정 마세요 ^^
1월 4일 오후 11:42 · 좋아요 · 1
김창업 박찬희 이해했습니다^^ 뒤에 +는 생각해보니 띄어쓰기가 두칸 이상 되어있을수도 있어서 들어간것이겠군요ㅎ
1월 4일 오후 11:54 · 좋아요
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김승환

icdo3.txt 파일에 있는 코드에 해당하지 않는 코드를 가지고 있는 데이터가 SEER 데이터에 존재하나요? 숙제를 하다 보니 있는 것 같던데요. 그리고 제가 지난 수업 시간에 딴청을 피다가 SEER 파일의 구조를 기억을 못하겠는데 code1과 code2의 의미가 뭔가요?

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박찬희님이 파일을 업로드했습니다.

seer_data 폴더 밑에 seer data 가 있고 icdo3.txt 는 소스코드와 동일한 디렉토리에 놓여져 있는 상태에서의 코드입니다.

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Yunji Hwang님이 adieu 2012에 사진을 추가했습니다.

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Sophia Moon

list index out of range error는 대체 무엇일까요?
SEER강의 마지막 부분 age distribution 하는 부분에서
"old_value = agearray[age_at_dx]"요 부분에서 자꾸
index error ; list index out of range라고 나오는데
강의 파워포인트에서와 똑같이 해서 들여쓰기는 틀리지 않았거든요...ㅠㅠ
... 혹시나 해서 집어 넣었다 뺐다 했는데 대체 뭐가 틀려서 안되는지 모르겠어요...
참고로 그 해당 부분을
캡쳐해서 올려요..
누가 좀 도와주세요 ~!!더 보기

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Sophia Moon

‎^^ 안녕하세요
박만영 선생님께 질문이 있는데요
어제 수업 중에 CPBMI_MEMBERS중 근무병원이 서울대학교 병원'인 수강생 출력하라..는 그 INNER JOIN 예제에서 AND를 사용하면 안나온다..고 말씀하셨던 것 같은데
이유가 무엇인가요? 왜냐하면 어제 조교 선생님의 도움을 좀 받아...^^;
SELECT * FROM CPBMI_MEMBERS INNER JOIN HOSPITAL_MASTER
... ON CPBMI_members.병원코드=hospital_master.병원코드 AND 근무병원='서울대학교병원'
이렇게 했는데 나왔거든요(8명)

제가 궁금한 건 이렇게 하면 원래 안되는 건지,
아니면 이번 예제는 AND를 사용했어도 되는데 다른 경우는 일반적으로 잘 안되는 것인지, 궁금합니다. ^^더 보기

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박래웅

토요일에 조교로 참석한 조수연양이 귀가길에 택시타다 넘어져서 distal fibula fracture가 생겨서 지금 수술 중 T.T

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Yunji Hwang님이 이계화님, Kwanghwan Park님과 함께 있었습니다.

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Yunji Hwang님이 김이준님, Kim Hun-Sung님과 함께 있었습니다.

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Kwanghwan Park

이준 계화 헌성 광환 김주한교수님 준정

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박찬희

요즘 재미있게 하는 100 floor 라는 (아이폰, 안드로이드 모두 있습니다) 퍼즐 게임입니다.

안돌아가는 머리에 기름칠 해주기에는 적당한것 같아요.

오늘 이런 문제가 나왔습니다.
...
X * Y = A + B
X+ Y = A * B

단 X > Y > A < B 이고 X, Y, A, B 가 1~9 사이의 숫자

공략집 보지 않고 python 으로 프로그래밍해서 1분만에 풀었습니다.

심심하면 한번 도전해보세요~ Merry Christmas~!더 보기

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조상헌

매번 느끼는 것이지만 각 강의를 맡으신 선생님들이 저희의 수준에 맞게 강의를 준비해 주시는 것에 정말 감사합니다. 박만영 선생님 오늘 재미있고 학생 수준에 맞는 강의를 해주셔서 감사합니다. -2조 일동-

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Kwanghwan Park

오늘 너무 재미있으신 박만영샘 ㅋㅋ

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Kwanghwan Park

‎2차를 준비하시는 헌성이형 ㅋ

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Yunji Hwang님이 Kim Hun-Sung님과 함께 있었습니다.

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Yunji Hwang님이 Kwanghwan Park님과 함께 있었습니다.

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Yunji Hwang님이 Kim Hun-Sung님과 함께 있었습니다.

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang님이 김승환님, 김민정님과 함께 있었습니다.

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Yunji Hwang

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Yunji Hwang

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김종헌

박래웅 교수님께 질문이 있습니다.

외국의 public EMR의 예가 EU-ADR, Mini-Sentinel project말고 더 있을까요?

project와 관련해서 찾아보려고 합니다.

항상 감사합니다.

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김이준

폭탄주 마는 박만영 쌤

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김이준

‎4조 귀요미들~!

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김이준

‎4조

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김이준

아직 멘탈 얼러트 2012 송년회

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Yunji Hwang

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JaeHo Lee

proposal 발표

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Kwanghwan Park

‎^^

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Sophia Moon

사정이 있어 먼저 나왔지만 참 모두들 정말 좋아요 ~^^
새해 복많이 받으세요^^♥

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김종헌

정규표현식에 대한 질문이 있습니다.
pictures = re.findall(r'img src="(.?)"', members)
가령 위에서 r'img src="(.?)"' 안에 변수를 사용하고 싶으면 어떻게 하나요?

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김혜리

박찬희 선생님~2월 GDA 날짜랑, 날짜별 일정좀 알려주실 수 있으신지요?^^

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강준

‎[R] 질문입니다.
ME0 ~ ME92 까지 다음 logistic regression을 반복 실행하고 p-value를 각각 저장해야 합니다. for 문, regular exprssion, function등 이용해야 할 것 같은데 좀 도와주세요.

glm(formula = factor(PlatinumStatus) ~ ME0 + factor(TUMORSTAGE) + AgeAtDiagnosis..yrs.,
data = ME_Trait,
family = binomial)

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Dukyong Yoon님이 파일을 업로드했습니다.

안녕하세요.
12월 15일 (7주차) 데이터베이스 숙제 풀이 올려드립니다.
꼭 이대로만 해야할 필요는 없습니다.
동일한 결과를 얻기 위해 다양한 방법이 가능하고,
제가 올려드리는 쿼리는 그 중 한가지 예일 뿐입니다.
감사합니다.

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김혜리

모두들 메리 크리스마스!!

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Kim Hun-Sung

‎== CPBMI 송년회 공지 ===========

시간; 2012년 12월 29일 (토) 오후 7시 30분

장소; 대학로 정이가네(02-745-5020)
...
참석인; 김주한 교수님, 박래웅 교수님
박찬희 선생님, 박만영 선생님, 윤덕용 선생님
CPBMI 수강생 36명

PM 3;00 ~ 4;10 파이썬 강의
PM 4;20 ~ 5;40 데이터베이스 이론
PM 5;50 ~ 7;00 팀프로젝트 중간발표
PM 7;00 ~ 회식 이동

Merry Christmas 하세요~더 보기

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Sophia Moon

MS SQL 숙제는 계속 어느 선생님한테 보내면 되나요?
윤덕용 선생님께 계속 보내드리면 되나요?
....

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박찬희

오늘 chapter 7 강의에 썼던 예제 코드를 올렸습니다.
http://cpbmi.or.kr/examples/
에 ch7_examples.zip 파일을 보시면 되겠습니다.

미처 생각치 못한 일들이 오늘 많이 벌어져서
다음 주 강의 부터는 미리 코드를 배포하도록 하겠습니다.

http://cpbmi.or.kr/examples/

www.cpbmi.or.kr

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박찬희

m = re.search( r't =(.?), df= (.?), p-value= (.?)', result )

였을 때 마지막 부분이 출력되지 않는 이유는 이렇습니다.

non-greedy match 시 ? 뒤에 어떤문자가 들어가는 지 기술해주어야 하는데
... 첫번째 그리고 두번째 group 같은 경우는 뒤에 컴마(,) 가 있습니다.
(.?),
그래서 정상적으로 매칭되지만 마지막 같은경우는
p-value= (.?)
로 되어있기 때문에 어떤 문자를 non-greedy matching 할것이냐에 대한
서술이 없어서 matching 이 되질 않습니다.

non-greedy match 로 할 경우에는 이렇게 하면 되겠습니다.
m = re.search( r't =(.?), df= (.?), p-value= (.?)$', result )더 보기

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김혜리

Hashlib를 돌리면 뭔가 돌아가기는 하는데 너무 오래걸려서 계속 실패하고있오요 ㅠㅠ 몇분이나 걸리시나요?

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강준

‎(sql 숙제) 윤덕용 선생님 메일 좀 알려주세요.

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Yoon-Ho Hong

Greedy vs. Non-greedy 개념을 잘 모르겠습니다.
예를 들면, 다음과 같은 경우에,

import re
result = 't =-1.2599, df =7.268, p-value =0.2467'
... p = re.compile( r't =(.)' )
m = p.search(result)
if m:
print m.group(1)

예상대로 아래와 같은 결과를 얻습니다.
-1.2599, df =7.268, p-value =0.2467

그런데,
p = re.compile( r't =(.?)' )
로 바꾸면,

아무것도 return 되지 않습니다.
ㅜㅜ

또한, 아래와 같이 하면

import re

result= 't =-1.2599, df= 7.268, p-value= 0.2467'

m = re.search( r't =(.?), df= (.?), p-value= (.*?)', result )

if m:
print m.group(1),m.group(2),m.group(3)

-1.2599 7.268
이렇게만 나오구요.

참 답답하군요....더 보기

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Sophia Moon

DBMS 강의 질문입니다

예제를 다시 해 보고 있는데요. enrolled table만들기부터 다시 해 보고 있는데
자꾸 이런 멘트가 뜨네요... 뭘까요?
쿼리랑 같이 올려봅니다. 분명히 교재랑 똑같이 한 것 같은데 (혹시나 해서 ecg db를 잘못 올렸나 해서 다시 재 업로드 했거든요.. 예전거 지우고 설정 교재에 있는 거랑 동일하게 해서요)
... create table enrolled
(personid varchar(7) not null,
ecgdate datetime,
RR int, QT int, QTc int, ACCI int,
ecgdept varchar (1), ecgsource varchar(1))

insert into enrolled
select distinct E.* from Electrocardiogram E, Drug D
where E.personid = D.personid and D.drugdate > DATEADD (day, -5, E.ecgdate) and D.drugdate<E.ecgdate

-> 이랬더니
메시지 257, 수준 16, 상태 3, 줄 1
데이터 형식 datetime을(를) int(으)로 암시적으로 변환할 수 없습니다. CONVERT 함수를 사용하여 이 쿼리를 실행하십시오.

이게 대체 뭔가요? ??더 보기

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박래웅

‎12월 15일 DBMS 실습강의를 보면서 앞으로 강의를 좀 더 쉽게 해야 하지 않을까 하는 생각을 해 보았습니다. 강의양과 범위를 좀 더 줄일까 생각 중입니다.

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김혜리

선생님들~안녕하세요? 2가지 질문이 있습니당.
1. 혹시 URL 소스 코드에서 원하는 부분만 선택해서 작업하는 방법도 있을까요? 예를 들어 http://medicine.iupui.edu/clinpharm/ddis/table.aspx 의 page는 표가 3가지가 있는데, 각각을 나누고 싶을 때, 나누어서 작업한든지 아니면 전체를 불러와서 group을 나눈다든지요..
2. URL를 불러서 작업하다 보면 다른 page로 link가 걸려 있는 경우가 있습니다. 이런 경우에 link page까지 불러올수 있는 방법이 있을지요?

Division of Clinical Pharmacology | Indiana University Department of Medicine

medicine.iupui.edu

A Strong inhibitor is one that causes a > 5-fold increase in the plasma AUC values or more than 80% decrease in clearance. A Moderate inhibitor is one that causes a > 2-fold increase in the plasma AUC values or 50-80% decrease in clearance. A Weak inhibitor is one that causes a > 1.25-fold but All o...

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박찬희님이 파일을 업로드했습니다.

하루 늦었네요.. chapter 5 올립니다. ^^;;

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Yoon-Ho Hong

윤덕용 선생님 e-mail 연락처 아시는 분 알려주시면 고맙겠습니다. 여쭈어볼게 있어서요.

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김혜리

선생님 안녕하세요? 지난주에 결석을 해서요.지난주 강의자료를 해보고있는데 예를 들어 멤버들의 이메일 추출 등을 하는 예제에서
fp=open("member.html")이렇게 하면 소스코드가 열리는 건 아니지요? 컴퓨터안에 파일로 저장해서 열어야 하는지요?

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Heejin Lee

import re

C:\Python27\python.exe: can't open file 'Regular': [Errno 2] No such file or directory

komodo 에디터에서 이런 에러가 나면 어떻게 해야하나요?

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Sophia Moon

숙제를 하는데 제가 genebank를 잘 몰라서요
정말 무식한 질문인데요...
첨부파일의 gb파일은 html같이 열어서 그 안을 확인해 볼 수는 없는 건가요
?
그냥 안의 내용물 무시하고 file open해서 그 다음 작업 진행하는 건지...
힌트 좀 주세요;

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Sophia Moon

Komodo editor를 쓰는데 (아직 에디터를 잘 못써서 Idle하고 두 개를 켜 놓고 왔다 갔다 하면서 쓰거든요) 갑자기 무수히 Idle 창이 수백개 계속 켜지고
코모도에서는 엔터가 마구마구 내려가고
노트북에 갑자기 귀신이라도 씌인 듯 해서
숙제고 뭐고 컴을 그냥 꺼버렸다가 다시 켰습니다
두 개 같이 켜서 그런가요,,,, ???

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박찬희

제가 Komodo Editor 를 권장한것은 다른 에디터들에 비해 상대적으로 가볍기 때문이기도 하지만 여러모로 다른 에디터들보다 사용이 쉽기 때문입니다. ( 그렇다고 Edit-Plus 만큼 간결하진 않습니다만... )
사진에서와 같이 프로젝트 단위로 묶을 수도 있고 인터페이스 색깔 지정도 깔끔하게 잘되네요. 저는 CPBMI 라는 프로젝트 안에 chapter 1 부터 앞으로의 것들까지 하나로 묶어놓고 강의에 사용할 프로그램들을 작업하고 있습니다.
그렇다고 모든걸 이 에디터를 써서 사용할 필요는 없습니다. 아주 간단한 계산을 하려는데 굳이 Komodo Editor 를 열필요는 없겠지요. 그냥 기본제공하는 idle 을 써도 무방합니다. 그리고 본인이 가장 편한 에디터가 가장 좋은 에디터일 것입니다.

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Kim Hun-Sung

CPBMI 송년회 공지합니다~

- 일시; 2012년 12월 29일 오후 7시 30분
- 장소; 미정 (확정되면 공지하겠습니다)

시간들 비워 놓으세요 ㅎ

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박찬희님이 파일을 업로드했습니다.

chapter 4 python 코드 첨부합니다 ~
날씨 추운데 조심히 들어가세요~

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Yoon-Ho Hong

이번 주 homework 에서 질문이 있어요.

def blood_pressure( systolic, diastolic ):
if systolic < 90 and diastolic < 60:
print 'Hypotension'
... elif 90 <= systolic < 120 and 60 <= diastolic < 80:
print 'Desired'
elif 120 <= systolic < 140 and 80 <= diastolic <90:
print 'Prehypertension'
elif 140 <= systolic < 160 and 90 <= diastolic < 100:
print 'Stage 1 Hypertension'
elif 160 <= systolic < 180 and 100 <= diastolic <110:
print 'Stage 2 Hypertension'
elif 180 <= systolic and 110 <= diastolic:
print 'Hypertensive Crisis'

patient_bp = { 'P1':[89,55], 'P2':[110,77], 'P3':[150,99], 'P4':[160,109] }
key_ls = patient_bp.keys()
key_ls.sort()

for i in range( len( patient_bp ) ):
print key_ls[i], blood_pressure( patient_bp[ key_ls[i] ][0], patient_bp[ key_ls[i] ][1] )

위와 같이 했을 때, 왜 아래와 같이 중간에 None 이 나오는 걸까요?

P1 Hypotension
None
P2 Desired
None
P3 Stage 1 Hypertension
None
P4 Stage 2 Hypertension
None

아시는 분 도와주세요...더 보기

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Kim Hun-Sung

파이썬이 재미있는 부분이...
유인물에 있는 내용을 그대로 보고 베껴써도 에러가 나는데요...
그대로 보고 베껴써도 에러가 나는데..
제 생각대로 숙제을 만들어 쓰는게 에러가 안 날리가 없죠~
이거 아주 재미있어요 ㅜ.ㅜ

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박찬희님이 파일을 업로드했습니다.

‎3강 연습문제 solution 업로드 합니다~

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윤지현

숙제 2번째 문제에 사용되는 첨부파일은 어디서 받았어야 하는 거죠??
헉...큰일 났다...

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강준

‎33.6 ml, BPH#에서 33.6만 추출하기, 66/M -> 66, M 나이, 성별로 분리하는 방법이 필요합니다. 파이선코드나 기타 방법 아시면 부탁합니다.

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강준

통계관련 질문입니다.
연속형 자료에서 일정수치 이하 또는 이상일 때 <0.5, >100로 표기된 값들 어떻게 처리해야 될까요?
검색도 잘 안되네요.

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박찬희님이 파일을 업로드했습니다.

Python Chapter2 풀이를 올립니다.
참고가 되셨으면 합니다. 여길 통해 많이 질문이 오고가면 좋겠습니다 ^^

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박찬희

Q : 파일 출력시 formatting 에 관한 문의가 있어서 살짝 언급합니다.
A : print 문 사용시와 동일합니다~

예 : fout.write( "%s\t%.2f\t%.2f\t%.2f\n" % ( patient_id, weight, height, bmi ) )

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Sophia Moon

숙제의 답에 대해서...
새로운 언어를 배우는 것이니만큼
도대체 뭐가 틀렸는지 알아야 앞으로 나아갈 수 있을 것 같은데요
설령 답이 여러가지라 하더라도
그렇다면 이렇게도 되고 저렇게도 되는구나..
... 할 수 있지 않을까요? 너무 막막합니다...
박찬희 선생님께서 1주 지난 다음 지난 시간 숙제의 답을
올려주시면 정말 정말 감사하겠지만...
그게 어려우시면
숙제를 해결하신 동기생 분들.. (김창업 선생님!!! 특히)
좀 올려주실 수 있을까요...ㅠㅠ
지난 주 숙제 중 아직도 BMI 문제랑, 4번 문제 아직도
해결이 안되고 있습니다..
좀 살려주세요 ㅠㅠ더 보기

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Sophia Moon

질문이 있습니다.. (어제에 이어 제가 계속 도배를 하네요.. 죄송함다)
1. 별거 아닌데요.. 병원에서 제가 실수로 파이썬을 3.0을 설치했었더니 계속
syntax 오류가 나더라구요.. 처음엔 그마저도 몰랐다가 지우고 다시 설치하는
과정에서 3.0인가 하는 것을 알고 2.73 버전인가로 다시 설치했더니 되더라구요
그런데 원래 버전 2에서도 되면 3에서도 당연히 되어야 하는거 아닌지요...
...
2. 2강 숙제 170-175cm, 60 - 65kg에서의 bmi 계산 문제에서요
bmi 계산식 부분에서
>>> for height in range(170,175):
print "%d cm" % height,
for weight in range(60,65):
bmi= weight/ ((float(height)/ 100)**2)
print "%.1f(%d kg)" % (bmi, weight),
print
중에 왜 bmi 계산식 파트에서 weight는 그냥 입력이 되고 height는 float으로
처리(?)해야 하나요? 그냥 해 봤더니 안되기는 하던데요... 둘 다 같은 거 아닌가
싶어서요...더 보기

좋아요 · · · 2012년 11월 28일 오전 10:07

36명이 읽음
김창업 1. 아, 버전 차이인가요? 전 2.73쓰고 있습니다;; 3.0 버젼에 무슨 일이 일어난걸까요?;;

2. 파이썬에서 정수형(int)를 나눗셈 연산하면 답도 정수만 나와야 하기 때문에 나머지는 버리고 몫만 반환합니다. (3/2 = 1) 만약 분모, 분자 둘중의 하나만 실수형(float)이어도 실수형 답을 반환합니다. (3/2.0 = 1.5 or 3.0/2 = 1.5)

구하고자 하는 bmi는 소숫점 이하 포함하는 실수형이고 height와 weight는 정수형이기 때문에 둘중 하나만 실수형으로 바꿔서 나눠주면 됩니다.^^
2012년 11월 28일 오전 10:16 · 편집됨 · 좋아요 · 3
Sophia Moon 와 실시간 답글 감사합니다 ~ ~
2012년 11월 28일 오전 10:17 · 좋아요 · 1
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