강좌시간표          1학기   /   2학기          Advanced Statistics and R Programming (2학기)          - 강의 시간 : 토요일 오후 1교시 오후 3:00 ~ 4:30          - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학 No 일시 강의 내용 담당강사 1 2014년 5월 10일 Starting with R - Introduction to R - R installation, workspace, R package installation - Basic R functions 2 5월 17일 Data manipulation with R - Data type - Importing and exporting data - Data management - Missing values 3 5월 24일 Review of Basic Statistics - Probability distributions - Summary statistics - Hypothesis testing, confidence intervals, bootstrap - Exploratory data analysis using R: basic graphics, correlation coefficients, contingency table 4 5월 31일 Statistical Analysis I: Analysis of means - Distributions - Parametric tests - Non-Parametric tests 5 6월 7일 Statistical Analysis II: Analysis of proportions and relations - Correlation - Regression - ANOVA 6 6월 14일 Survival Analysis - Censoring, Survival data, Survival function - Cox proportional-hazards regression - Kaplan-Meier survival curve - Statistical comparison of survival curves: log-rank, Wilcoxon test 7 6월 21일 Machine learning algorithms for Biomedical Informatics - Supervised analysis - Unsupervised analysis 8 6월 28일 Classification using R - Feature selection - K-Nearest Neighbor - Support Vector Machine - Linear Discriminant Analysis 9 7월 5일 Evaluation and Validation - Over-fitting - Cross validation: train/validation/test set split - Empirical p-value, permutation test - Multiple testing correction 10 7월 12일 Advanced R graphics - Line Plots, Bar charts, Histograms, Scatter plot - Labels and legends - Lattice package 11 7월 19일 Microarray Data Analysis I - Bioconductor packages - Introduction to Microarray Data - Normalization methods 12 8월 16일 Microarray Data Analysis II - Identifying DEG: t-test, SAM - Volcano plot - FDR - Probe annotation 13 8월 23일 Gene ontology & Pathway analysis - Gene clustering - GO and Pathway enrichment analysis - R packages for semantic similarity 14 8월 30일 Case study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with survival in ovarian cancer (JAMA 2011) - DEG extraction from RNA-seq data - Clustering (K-means, hierarchical) - Correlation analysis between methylation and expression data - Survival analysis          정보의학 개론 II (2학기)          - 강의 시간 : 토요일 2교시 오후 4:50~6:20          - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학 No 일시 강의 내용 담당강사 1 2014년 5월 10일 건강정보시스템 EMR/EHR/PHR 2 5월 17일 명사 초청 특강 - Network Biology 이기영 3 5월 24일 데이터웨어하우스 구축과 데이터마이닝 박래웅 4 5월 31일 명사 초청 특강 - Datamining and its application in Biomedical Informatics 신현정 5 6월 7일 의료정보와 환자주도형 건강 시스템 6 6월 14일 명사 초청 특강 - Lessons from 1000 Genome Project 7 6월 21일 의료정보와 개인정보보호 8 6월 28일 명사 초청 특강 ? Markov Chain and Hidden Markov Model 손경아 9 7월 5일 명사 초청 특강 - SNOMED CT 박현애 10 7월 12일 명사 초청 특강 - Gamification and mHealth 김정은 11 7월 19일 [1박 2일 합숙교육] 12 8월 16일 명사 초청 특강 - 임상연구/임상시험정보시스템 최인영 13 8월 23일 명사 초청 특강 - Drug Repositioning 인용호 14 8월 30일 명사 초청 특강 - Semantic Web 손영수          Bioinformatics : Genomic Medicine (2학기)          - 강의 시간 : 토요일 3교시 저녁 7:30 ~ 9:00          - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학 No 일시 강의 내용 담당강사 1 2014년 5월 10일 TCGA data introduction 2 5월 17일 Advanced Microarray Data Analysis 3 5월 24일 Next Generation Sequencing & Personal Genome Data Analysis 4 5월 31일 NGS Platforms and Application 5 6월 7일 Personal Genome Interpretation 6 6월 14일 RNA-Seq Expression Profile Analysis 7 6월 21일 Sequence-level Transcriptome Analysis 8 6월 28일 Non-Coding RNAs in RNA-Seq Data 9 7월 5일 Identifing Genomic rearrangement, Gene fusion analysis from RNA sequence 10 7월 12일 Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics 11 7월 19일 Copy Number and Genomic Rearrangement [1박 2일 합숙 교육] 12 8월 16일 GWAS and Post-GWAS, eQTL data Analysis 13 8월 23일 PheWAS, EWAS and Electronic Medical Records Data Analysis 14 8월 30일 기말고사