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강좌시간표
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1학기
/ 2학기
Advanced Statistics and R Programming (2학기)
- 강의 시간 : 토요일 오후 1교시 오후 3:00 ~ 4:30
- 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학
| No |
일시 |
강의 내용 |
담당강사 |
| 1 |
2014년 5월 3일 |
Starting with R
- Introduction to R
- R installation, workspace, R package installation
- Basic R functions
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| 2 |
5월 10일 |
Data manipulation with R
- Data type
- Importing and exporting data
- Data management
- Missing values |
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| 3 |
5월 17일 |
Review of Basic Statistics
- Probability distributions
- Summary statistics
- Hypothesis testing, confidence intervals, bootstrap
- Exploratory data analysis using R: basic graphics, correlation coefficients, contingency table |
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| 4 |
5월 24일 |
Statistical Analysis I: Analysis of means
- Distributions
- Parametric tests
- Non-Parametric tests |
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| 5 |
5월 31일 |
Statistical Analysis II: Analysis of proportions and relations
- Correlation
- Regression
- ANOVA |
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| 6 |
6월 7일 |
Survival Analysis
- Censoring, Survival data, Survival function
- Cox proportional-hazards regression
- Kaplan-Meier survival curve
- Statistical comparison of survival curves: log-rank, Wilcoxon test |
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| 7 |
6월 14일 |
Machine learning algorithms for Biomedical Informatics
- Supervised analysis
- Unsupervised analysis |
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| 8 |
6월 21일 |
Classification using R
- Feature selection - K-Nearest Neighbor
- Support Vector Machine
- Linear Discriminant Analysis |
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| 9 |
6월 28일 |
Evaluation and Validation
- Over-fitting
- Cross validation: train/validation/test set split
- Empirical p-value, permutation test - Multiple testing correction |
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| 10 |
7월 5일 |
Advanced R graphics
- Line Plots, Bar charts, Histograms, Scatter plot
- Labels and legends
- Lattice package |
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| 11 |
7월 12일 |
Microarray Data Analysis I
- Bioconductor packages
- Introduction to Microarray Data
- Normalization methods |
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| 12 |
8월 9일 |
Microarray Data Analysis II
- Identifying DEG: t-test, SAM
- Volcano plot - FDR
- Probe annotation |
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| 13 |
8월 16일 |
Gene ontology & Pathway analysis
- Gene clustering
- GO and Pathway enrichment analysis
- R packages for semantic similarity |
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| 14 |
8월 23일 |
Case study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with survival in ovarian cancer (JAMA 2011) - DEG extraction from RNA-seq data - Clustering (K-means, hierarchical) - Correlation analysis between methylation and expression data - Survival analysis |
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정보의학 개론 II (2학기)
- 강의 시간 : 토요일 2교시 오후 4:50~6:20
- 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학
| No |
일시 |
강의 내용 |
담당강사 |
| 1 |
2014년 5월 3일 |
건강정보시스템 EMR/EHR/PHR |
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| 2 |
5월 10일 |
명사 초청 특강 - Network Biology |
이기영 |
| 3 |
5월 17일 |
데이터웨어하우스 구축과 데이터마이닝 |
박래웅 |
| 4 |
5월 24일 |
명사 초청 특강 - Datamining and its application in Biomedical Informatics |
신현정 |
| 5 |
5월 31일 |
의료정보와 환자주도형 건강 시스템 |
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| 6 |
6월 7일 |
명사 초청 특강 - Lessons from 1000 Genome Project |
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| 7 |
6월 14일 |
중간고사 |
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| 8 |
12월 22일 |
의학자료의 특성과 의사결정이론, 의학적 의사결정 |
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| 9 |
12월 29일 |
명사 초청 특강 - 4 |
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| 10 |
2013년 1월 5일 |
정보검색과 의학문헌 정보 시스템 |
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| 11 |
1월 12일 |
명사 초청 특강 - 5 |
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| 12 |
1월 19일 |
바이오유전체 정보학 |
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| 13 |
1월 26일 |
명사 초청 특강 - 6 |
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| 14 |
2월 2일 |
기말고사 |
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데이터베이스 이론 및 임상정보 시스템 (1학기)
- 강의 시간 : 토요일 3교시 저녁 7:30 ~ 9:00
- 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학
| No |
일시 |
강의 내용 |
담당강사 |
| 1 |
2012년 11월 3일 |
강좌소개
데이터와 의료데이터의 이해 |
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| 2 |
11월 10일 |
대규모 의료데이터를 활용한 연구 소개 (CLEAR, ARB, ECG-VIEW 등 연구) |
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| 3 |
11월 17일 |
데이터베이스 및 관계형 데이터베이스 개념 |
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| 4 |
11월 24일 |
데이터베이스 설치 및 환경 설정
[1박2일 합숙교육] |
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| 5 |
12월 1일 |
연구 대상자의 선정 SQL (Select, Update, Delete, Create Table/View) |
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| 6 |
12월 8일 |
연구 대상자와 관련 변수의 연결 SQL(Join, 서브쿼리, union) |
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| 7 |
12월 15일 |
고급 SQL - I : E-R 다이어그램, 제약조건 |
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| 8 |
12월 22일 |
고급 SQL - II : 뷰, 트랜잭션, 인덱싱, 보안 |
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| 9 |
12월 29일 |
고급 SQL - III : 커서, for문과 while 문 -1 |
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| 10 |
2013년 1월 5일 |
고급 SQL - III : 커서, for문과 while 문 -2 |
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| 11 |
1월 12일 |
고급 SQL - IV : 저장 프로시져 (stored procedure) |
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| 12 |
1월 19일 |
고급 SQL - V : R package와의 연동 프로그래밍 - 1 |
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| 13 |
1월 26일 |
고급 SQL - V : R package와의 연동 프로그래밍 - 2 |
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| 14 |
2월 2일 |
고급 SQL - VI : SPSS와의 연동 프로그래밍 |
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